腔隙性脑梗死治疗的核心是遵循个体化治疗原则，在一般内科对症治疗基础上，积极进行对受损脑组织的保护性针对疗法，如降颅压、改善脑脱水等。
有溶栓指征的患者应尽早尽快通过溶栓治疗疏通血管通路，恢复脑组织供血，以达到改善预后、减少并发症的目的。
腔隙性脑梗死患者多为有基础疾病的中老年患者，因此这里的一般治疗不仅仅是普通照护，还包括基本生命体征维持、基础疾病的治疗原则。
对不能自主呼吸的患者，必要时可给予气道支持（气管插管或切开）及吸氧。
对高血压患者应进行缓慢降压，并严密监测；低血压患者可适当扩充血容量。
当患者血糖高于11.1 mmol/L时，应酌情使用胰岛素进行降血糖治疗，使血糖维持在7.8~10.0 mmol/L；低血糖者则应给予葡萄糖口服液或静脉补液升血糖。
可适当使用甘露醇、甘油果糖、利尿剂等药物降低颅内压，防止脑水肿和脑疝等致命并发症的发生。
可通过鼻饲管或胃造口（PEG）管饲等建立营养通路，防止营养不良或吸入性肺炎的发生。
对梗死影响到下丘脑体温调节中枢的患者，应使用冰帽或酒精擦洗等物理降温疗法；对呼吸道、泌尿道感染引起发热的患者，应酌情使用抗生素抗感染。但不推荐预防性使用抗生素。
可通过胃内灌洗、应用质子泵抑制剂等方法减少出血，必要时可考虑内镜或手术止血。若出现循环衰竭的表现，应给予补液甚至输血液制品来防治休克。
应严密进行水电解质检测，必要时针对性地纠正水盐平衡。
腔隙性脑梗死合并心脏损伤者，发病早期就应密切观测心血管基本情况，必要时可进行心肌酶或动态心电监测，及时发现诸如急性心肌缺血、心肌梗死、心衰等心脏损伤，并给予治疗。
腔隙性脑梗死患者发生癫痫后，要根据具体情况进行抗癫痫治疗。
腔隙性脑梗死可能会影响到运动系统，肢体长时间缺乏运动会增加血液高凝状态，促使血栓形成，严重时可致死。因此应建议患者减少卧床时间，适当锻炼，尽可能避免下肢静脉输液。必要时可酌情应用低分子肝素或阿司匹林等抗凝药物减少血栓形成。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
是腔隙性脑梗死最为重要的治疗手段。重组组织型纤溶酶原激活剂（ rt-PA）和尿激酶（UK）为目前常用药物。目前认为，溶栓有效时间窗：UK为6小时，rt-PA为4.5小时。用药期间应进行严密监测。
常用药物为阿司匹林、氯吡格雷等，医生会根据腔隙性脑梗死患者的实际情况选用合适的药物进行抗血小板治疗。
可适当选用肝素、低分子肝素、华法林等，并密切监测凝血情况。但不推荐急性梗死患者立即使用抗凝药，溶栓后24小时内也禁止使用此类药物。
常用药物为降纤酶、巴曲酶等，对不适合溶栓并进行严格筛选的患者，尤其是高纤维蛋白血症的患者，可应用此疗法。
如依达拉奉、胞磷胆碱等，可起到一定的神经营养及保护作用。
腔隙性脑梗死一般损伤较小，多数情况下内科保守治疗即可。但当病变涉及脑干重要中枢或引发急性大出血时，可考虑手术介入治疗，切除部分受损脑组织，并通过支架等重建脑部血流通路。
颈动脉狭窄较重的患者亦可考虑动脉内膜切除。
西药作用靶点明确，中药讲究整体固本，故两者结合可互为补充，增加疗效。医生会根据患者的具体病情进行辨证治疗。
急性期帮助患者重建运动功能，后期注重心理社会功能的恢复，在改善运动障碍、提高患者生活质量方面有重要作用。
在动物模型研究中，血小板微囊泡被证实有促进血管重建、减少梗死交界区脑组织修复的作用。但目前尚无临床研究结果。
