原发性肝癌须与如下疾病鉴别：
1.继发性肝癌 肝脏血源丰富，其他癌肿可转移至肝脏。继发性肝癌多由胃、肺、结肠、胰转移而来，大多为多发性结节，临床表现以原发癌表现为主，少数可仅有继发性肝癌的征象，如肝大、肝结节、肝区痛、黄疸等。血清AFP多呈阴性。
2.肝硬化 原发性肝癌多发生在肝硬化的基础上，二者的鉴别常有困难。肝硬化病情发展较慢有反复，肝功能损害较显著，血清AFP可有一过性增高，常伴有转氨酶显著升高。而肝癌血清AFP持续上升，往往超过500µg/ml，此时与转氨酶下降呈曲线分离现象。
3.肝脓肿 一般有明显炎症的临床表现，发热、肝区疼痛、压痛明显。查体：肝脏肿大，表面平滑无结节，触痛明显，右上腹有肌紧张，白细胞计数升高，超声可见肝内液性暗区。但当脓液稠厚，尚未形成液性暗区时，诊断较困难，应反复做超声检查，必要时在超声引导下，或在压痛最明显部位作诊断性穿刺。
4.肝非癌性占位性病变 如肝血管瘤、肝囊肿、肝包虫病等。超声、CT、MRI等影像学检查有助于区别肿物的性质。目前与小肝癌相混淆的肝脏良性病变，如腺瘤样增生，肝硬化再生结节，局灶性结节性增生等鉴别尚有一定困难，定期随访，必要时可做超声引导下穿刺活检可助诊断，鉴别困难时，可剖腹检查。
