白细胞总数增高，中性粒细胞在80%以上。在流行后期的少数轻型患者中，血常规可在正常范围内。
呈无色透明，腰穿压力常轻度增高，细胞数大多在500/mm3以下，白细胞计数增加。病初2~3天以中性粒细胞为主，以后则单核细胞增多。糖多为正常，蛋白质常轻度增高，氯化物正常。病初1~3天内，脑脊液检查在少数病例可呈阴性。高通量二代测序、免疫学检查乙脑病毒特异性IgM等有助于诊断。
尤其是特异性乙脑病毒IgM抗体测定可辅助确诊。
病程1周内死亡病例脑组织中可分离到乙脑病毒，也可用免疫荧光（IFT）在脑组织中找到病毒抗原。
