通过直肠直接触摸前列腺体，前列腺呈饱满增大、质软轻度压痛。病程长者，前列腺缩小、变硬、不均匀，有小硬结。建议在进行前列腺指检前先留取尿液做尿液分析。
主要观察前列腺按摩液（EPS）中卵磷脂小体和白细胞数目。卵磷脂小体减少是前列腺炎的特有表现，白细胞数目在慢性前列腺炎IIIA型（炎症性）患者中增加，而在慢性前列腺炎IIIB型（非炎症性）患者中不增加。
用“四杯法”、“两杯法”收集分段尿液及前列腺按摩液进行细菌学分析，该方法是鉴别细菌性和非细菌性慢性前列腺炎的常用方法。
显示前列腺组织结构界限不清、混乱，可提示存在前列腺炎。
使用膀胱镜（一种管状仪器）检查尿道和膀胱的手术，该检查不是本病的常规检查，用于少数需要鉴别诊断的患者。
在患者局部麻醉状态下，将膀胱镜从尿道外口插入下尿路。用以检查尿道是否狭窄、堵塞或结石。存在前列腺炎时可见后尿道、精阜充血、肿胀。
由于症状相似，慢性前列腺炎需要与可能导致盆腔区域疼痛和排尿异常的其他疾病鉴别。
患者前列腺液细菌培养呈阳性，且存在反复的下尿路感染病史。
发生在附睾部位的一种慢性炎症，表现为阴囊长期的隐痛不适或坠胀感，但附睾部可触及结节，并伴轻度压痛，而慢性前列腺炎没有此种表现。
指前列腺组织成分的增生而引起膀胱出口梗阻的一种良性病变，多发于老年男性。表现为尿频、夜尿增多且伴有排尿困难，尿线变细，残余尿增多以及尿不尽感。通过B超、直肠指检可和慢性前列腺炎进行鉴别。
发生于前列腺部位的恶性肿瘤，是老年男性的常见恶性肿瘤。随着肿瘤的生长，前列腺癌可表现为与慢性前列腺炎相似的下尿路梗阻症状，如尿频、尿急、尿流缓慢及排尿费力等。通过检查血清中的前列腺特异性抗原，以及前列腺穿刺活检可与慢性前列腺炎鉴别。
尿道炎是一种尿道黏膜的炎性病变，表现为尿道红肿、发痒以及尿频、尿急与尿痛等，但没有会阴部不适及坠胀等，通过直肠指检可以和慢性前列腺炎进行鉴别。
由于精索静脉回流受阻等原因，导致的精索蔓状静脉丛迂曲、扩张。也可表现为阴囊部位的坠胀、疼痛，通过视诊、触诊和超声检查，即可以与慢性前列腺炎进行鉴别。
