脑内转移瘤多发病灶较为常见，多位于脑皮层下，多数为环状或结节样强化影。单发转移癌需要与高级别胶质瘤鉴别。
脑内感染性病变，特别是脑脓肿，需与高级别脑胶质瘤鉴别。两者均有水肿及占位征象，强化呈环形。脑脓肿的壁常较光滑，无壁结节，而高级别胶质瘤多呈菜花样强化，囊内信号混杂，可伴肿瘤性卒中。绝大部分高级别脑胶质瘤的氨基酸代谢活性明显高于正常脑组织，而脑脓肿一般呈低代谢。
与脑胶质瘤易发生混淆的是肿瘤样脱髓鞘病灶，增强扫描可见结节样强化影，诊断性治疗后复查，病灶缩小明显，易复发，实验室检查有助于鉴别诊断。
对于免疫功能正常患者，淋巴瘤的MRI信号多较均匀，瘤内出血及坏死少见，增强呈明显均匀强化。
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