该病除与原发性癫痫，血吸虫病或肺吸虫病脑型引起的癫痫，结核性脑膜炎、隐球菌性脑膜炎、病毒性脑膜炎等疾病引起的癫痫症状相似外，还会出现颅内压增高、脑膜刺激征等症状，但医生根据病原学及影像学检查可以进行鉴别判断，脑囊尾蚴病患者影像学检查可以发现囊尾蚴病灶。
与眼内肿瘤、眼内异物、视网膜炎等疾病症状相似，都可能出现眼部炎症、视力障碍等症状，但医生根据检眼镜、裂隙灯或眼部B超检查发现囊尾蚴，可进行鉴别。
皮脂囊肿、多发性神经纤维瘤、肺吸虫病皮下结节、神经纤维瘤也都可能出现皮下结节，皮下组织和肌肉囊尾蚴病患者的皮下结节的组织活检，病理证实囊尾蚴的存在，可以帮助鉴别。
