根据男性不育症的不同病因，该病的治疗分为药物治疗、手术治疗和辅助生殖技术。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
患者可在医生指导下使用以下药物进行治疗。药物治疗主要包括：基础性治疗、病因治疗或称特异性治疗。
适用于少精子症、弱精子症、畸形精子症以及同时存在上述情况的患者，也适用于拟行自身精子辅助生殖助孕的患者。
用于改善全身或局部微环境，对精子生成以及精子的结构和功能保护有重要意义。天然维生素E是最重要的抗氧化剂之一，能够提高精子的浓度、活力以及形态正常的精子的比例。其他抗氧化药有硫辛酸、谷胱甘肽、乙酰半胱氨酸等。
能够改善全身组织和细胞的代谢能力，且常兼具抗氧化作用，从而改善精子的形成和成熟过程。常用药物为左卡尼汀，能够促进附睾内脂肪酸的转运，提升精子的能量代谢。
提高血管弹性及收缩功能、改善血流状态、增加组织血流量，改善睾丸和附睾的血液循环，从而促进睾丸的生精作用以及附睾内的精子成熟，并且能够增加精子活力。常用的药物有七叶皂苷类、胰激肽原酶等。
针对男性不育病因明确或影响男性生育的高危因素，进行针对性的药物治疗。
生殖系统的感染可能引起男性不育。根据症状和细菌学确诊，使用敏感的抗生素治疗。
促性腺激素治疗，适用于各种原发性或继发性促性腺激素分泌低下性性腺功能减退症。治疗前应常规进行性激素检测，排除高泌乳素血症。怀疑垂体肿瘤者应行头颅MRI检查。主要药物为人绒毛膜促性腺激素（hCG）、人绝经期促性腺激素（hMG）以及重组人促卵泡生成素（FSH）。
高泌乳素血症在排除需要手术治疗的垂体肿瘤后，可以采用多巴胺受体激动剂治疗。
常用药物为溴隐亭，约需使用3个月，效果较好，不良反应常见胃肠道不适。新型药物如卡麦角林，疗效与溴隐亭相当，但服药次数和不良反应均较少。
甲状腺功能减退症患者生育力下降，可通过补充甲状腺素予以改善。
作用机制不明确，但是有相关文献报道，存在一定疗效，还需要临床上的进一步研究。
可能是通过抑制雌激素的负反馈调节，促进垂体分泌促性腺激素，刺激睾丸间质产生睾酮和促进精子形成，常用药物为氯米芬和他莫昔芬。
可通过阻断睾酮转化为雌二醇所需的芳香化酶的作用，从而抑制睾酮转化为雌二醇，提高睾酮水平，促进精子成熟和精子数量增加，常用药物为来曲唑。
重组人生长激素、非甾体类抗炎药、锌、硒、氨基酸、维生素A、维生素D、ɑ受体阻滞剂等，可能具有改善精液质量、提高受孕率的作用，但是缺乏大规模临床研究的证实。
睾丸下降异常（隐睾）的患者，主张在2岁前接受睾丸下降固定术。若发现时已经超过2岁，建议发现后尽快手术。
精索静脉曲张的患者应接受精索内静脉高位结扎术，对提高精子发生和改善精液质量有确切疗效，通常推荐显微镜下精索静脉结扎术。但是对于精索静脉曲张伴发无精子症的患者，手术后恢复生育能力的可能性非常小，目前尚在探索阶段。
附睾或输精管局部梗阻，可以接受显微外科手术治疗，如输精管-输精管吻合术、输精管-附睾吻合术等。
由于一些全身性疾病导致的不育，可能通过对应的手术得到治疗，如垂体瘤手术、甲状腺手术等。
中医药治疗男性不育症具有悠久的历史。现阶段，对于原因不明的不育症，中医药治疗具有其优势。
辨证论治是中医药治疗男性不育症的核心，临床上常见的证候有肾阴不足、肾阳虚衰、气滞血瘀、湿热下注、脾气亏虚、肝气郁结等，2种以上的兼挟证候居多。临床上可以选用具有补肾、滋阴、温阳、健脾、益气、活血、疏肝、清热利湿等功效的中药进行治疗。
中医药治疗男性不育症，也可辨病论治或辨病辨证结合，常用药物包括麒麟丸、生精胶囊、生精片等。
辅助生殖技术（assisted reproductive technology，ART）在近十年来不断发展，绝大部分男性不育症患者均可通过辅助生殖技术达到配偶受孕的目的。常用的辅助生殖技术如下。
丈夫精液人工授精（AIH）主要用于男性性功能障碍、免疫性因素和轻度的精液质量异常引起的不育。
供者精液人工授精（AID）主要用于无法获取精子的无精症，男方有不宜生育的严重遗传性或精神类疾病，男方精液质量严重异常等情况。
人工授精分为经阴道及与经宫颈管内人工授精（ICI）、宫腔内人工授精（IUI）、输卵管内人工授精（ITI）和腹腔内人工授精（DIPI）等。
男女任何一方患有泌尿生殖系统的急性感染或性传播疾病、中重度的精液质量异常、女性输卵管因素导致精卵结合障碍、女方有严重遗传性或精神类疾病、女方近期接受致畸量的放射性或有毒物质等情况下，不宜行人工授精。
即俗称的“试管婴儿”。适用于男方精液质量轻中度异常、免疫性因素及不明原因的不育及既往人工授精3次以上仍未受孕的情况。
男女任何一方具有严重的遗传性或精神类疾病、泌尿生殖系统感染、性传播疾病，近期接受致畸量的放射线、毒品、药品，女方不具备妊娠功能的情况下，不宜行体外受精-胚胎移植术。
提高了重度少精子症和重度弱精子症患者行体外受精-胚胎移植技术（IVF-ET）的受精率。由于显微操作中可能损伤细胞的内部结构，潜在的遗传学风险仍需进行长期的大样本研究。
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