肺部感染是主要并发症之一，重症卧床患者常合并肺部感染。
脑血栓部位位于丘脑和脑干时容易发生，因为在这个部位，胃黏膜更容易发生应激性溃疡，出血部位多位于胃和十二指肠。
脑血栓患者中高龄患者较多，肢体瘫痪长期卧床活动不便，骨隆起等部位由于长期压迫，会发生局部组织缺血及缺氧而坏死。
抑郁、焦虑情绪的产生与脑血栓的严重程度，既往有无抑郁、焦虑病史，家庭关系，医生治疗护理等因素有关。表现为兴趣丧失、无愉悦感、精力减退、失眠早醒、体重下降等。
脑血栓卧床患者容易出现下肢深静脉血栓，栓子脱落后容易堵塞肺部大血管而引起肺栓塞。
多见于重症脑血栓患者，脑血栓部位位于延髓，大脑呼吸中枢受抑制，出现中枢性呼吸衰竭。脑血栓昏迷患者会出现咳嗽、吞咽反射减弱、呼吸道分泌物增多，因痰液阻塞、气道窒息等因素影响气体交换出现周围性呼吸衰竭。
部分患者身体的一侧可能会瘫痪，或失去对某些肌肉的控制，例如脸部一侧或一只手臂的肌肉。
脑血栓可能会影响患者对口腔和喉咙肌肉的控制，使患者难以清楚地发声、吞咽或进食。患者也可能在语言方面出现问题，包括表述或理解语言，阅读或写作。
许多脑血栓的患者会有一些记忆丧失。也有患者可能在思考、判断、推理和概念理解上出现困难。
癫痫也是脑血栓患者的并发症之一。发病时患者全身强直性肌痉挛，出现肢体伸直，头、眼偏向一侧等症状，应遵照医嘱进行护理。
脑血栓患者的一些身体部位可能会出现疼痛、麻木或其他奇怪的感觉；有些患者也可能对温度变化敏感。这种并发症被称为中枢性中风疼痛或中枢性疼痛综合征。
