脑炎后遗症期的治疗，主要为对症治疗和康复治疗。
一般治疗，主要为对症支持治疗，这对重症及昏迷的患者至关重要。治疗应注意维持营养及水、电解质的平衡，保持呼吸道通畅，必要时可小量输血，或给予静脉营养。患者需加强护理，预防压疮及呼吸道感染等并发症，恢复期可进行康复治疗。
病情严重的脑炎患者可能需要在重症监护室进行治疗。
针对脑炎后遗症的对症治疗包括：
患者通过按摩治疗、康复训练、语言教学、理疗、音乐疗法、功能训练等方式，逐步改善肢体能力、运动能力和生活能力，并不断提高语言能力和智力水平。
推拿按摩能松解挛缩的肌肉、肌腱，改善组织血液循环，增加局部血流，从而营养神经、肌肉，降低肌张力，提高肌力。
借鉴脑瘫患儿的康复治疗方法，以Vojta诱导疗法、bobath疗法和上田法，对患儿进行功能训练。在没有出现主动运动时，可采用被动运动训练、做肢体及各关节的被动运动，对年龄小于1岁的患儿，通过Vojta诱导疗法，对身体一定部位的压迫刺激诱导，产生全身性的、协调的反射性移动，促进其主动运动。同时采用bobath疗法，以抑制异常姿势，促通正常运动模式。
作业疗法能最大限度地改善与提高自理、工作，及休闲娱乐等日常生活能力，提高生活质量。
头皮针治疗可以兴奋调节神经系统，改善脑血液循环、益智开窍、通经活络、强壮筋骨。
应用药物促进损伤的神经元胞体存活，促进其生长分化、再生和成熟，同时营养神经、促进髓鞘形成。进行穴位封闭，可有药物和穴位的双重作用。
有智力、语言、情感行为异常的患儿，进行一对一的语言疗法、教育疗法，以促进其有智力、语言、性格行为发育。
音乐有助于提高患者的生理心理健康水平，提高认知能力。
理疗能改善脑部血液循环，促进脑功能恢复，降低肌张力，提高肌力。
