治疗的根本目的是“缩小和去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，预防和减少复发”。医生会根据患者的年龄、症状、病变部位和范围以及对生育的要求等，制定个体化的治疗方案。主要包括期待疗法、药物治疗、手术治疗和联合治疗等：
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
药物治疗的目的是抑制卵巢功能，阻止病情的发展。患者可在医生指导下使用以下药物进行治疗。
是一类抗炎、解热、镇痛的药物，可用于缓解病变引起的轻微腹痛或痛经，但是并不能阻止病情的发展。不良反应主要为胃肠道反应，偶尔可出现肝肾功能异常，长期应用者需警惕胃溃疡的可能。
是最早用于治疗本病的激素类药物，适用于轻度患者。通过长时间服用造成类似妊娠的人工闭经，即临床上的“假绝经疗法”。常用低剂量高效孕激素和炔雌醇复合制剂，不良反应主要有恶心、呕吐，需要警惕血栓形成的风险。
常用的药物有醋酸甲羟孕酮、甲地孕酮或炔诺酮等，以及地诺孕素等类孕激素药物，其不良反应有恶心、轻度抑郁、水钠潴留、体重增加及阴道不规则点滴出血等。患者在停药数月后痛经可缓解，月经可恢复。
如米非司酮，其不良反应轻，无雌激素样影响，也没有骨质丢失的危险，但是长期疗效有待进一步证实。
也是一种假绝经疗法。与达那唑疗效相近，但不良反应较小，对肝功能影响较小且可逆，用药量少、方便。
适用于轻、中度痛经明显的患者。不良反应有恶心、头痛、潮热、乳房缩小、体重增加、性欲减退、多毛、痤疮、皮脂增加、肌痛性痉挛等，患者一般都能耐受。
因为本药物主要在肝脏代谢，因此有肝功能损害者不宜使用，也不适用于高血压、心力衰竭、肾功能不全者。
可以使卵巢激素水平明显下降，出现暂时性闭经。此疗法又称“药物性卵巢切除”。
目前常用的药物有亮丙瑞林、戈舍瑞林。主要不良反应为低雌激素状态导致的潮热、阴道干燥、性欲减退和骨质丢失等绝经症状，但停药后多可消失，骨质丢失通常需1年才能逐渐恢复正常。
使用期间应监测患者血清雌激素水平，低于30pg/mL且患者出现低雌激素症状时可补充雌孕激素以及钙剂，以减轻副作用，维持雌激素在治疗窗（30～45pg/mL）内。
切除病灶、恢复正常的解剖结构。
有经腹和经腹腔镜两种途径的手术，腹腔镜创伤小、手术恢复快，术后较少形成粘连，现已成为最佳的处理方式。目前认为腹腔镜确诊、手术+药物治疗为金标准治疗方案。常用的手术方法有以下几种。
适用于药物治疗无效、年轻和有生育要求的患者。手术需要切净或破坏所有可见的异位内膜病灶，并进行分离粘连、恢复正常的解剖结构，但会保留子宫和一侧或双侧卵巢，至少保留部分卵巢组织。术后复发率40%。
症状明显且无生育要求的45岁以下患者多选择此种手术方式。手术切除盆腔内病灶及子宫，保留至少一侧或部分卵巢，术后复发率约5%。
适合45岁以上、症状重或者经保守手术或药物治疗无效者。医生会将子宫、双附件（双侧输卵管和卵巢）切除。术后不用雌激素补充治疗者，几乎不会复发。
对于顽固性痛经患者如果多次药物治疗无效，医生可能采取宫骶韧带切除术和骶前神经切除术两种手术方案缓解疼痛。
但由于该手术的治疗效果不够理想，以及手术的风险高，目前已经不再是治疗内异症相关疼痛的主要术式。
术后可能会出现伤口感染、轻微出血或伤口周围有淤伤，严重者可能出现器官的损伤（如子宫穿孔）、腹部严重出血、深静脉血栓形成或肺栓塞。
该疾病的中医治疗暂无循证医学证据支持，但一些中医治疗方法或药物可缓解症状，建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
对于不孕的患者，可到辅助生殖科进行辅助生殖技术治疗，包括超促排卵（COH）-宫腔内人工授精（IUI）、体外受精-胚胎移植（IVF-ET）。
