大多数经过超声或细针吸取细胞学检查确诊的乳腺囊肿可无需处理，若囊肿体积较大，可在超声引导下穿刺抽出囊内液体以缓解症状。
鉴于积乳囊肿是良性疾病, 对不要求再生育的部分患者, 可行穿刺抽吸囊液，对要求再生育的患者, 手术切除囊肿是彻底有效的治疗方法，以免造成再孕时囊肿增大或感染。
该疾病发展过程中急性期不明显，如果有突发生命体征危急情况，须尽快到急诊就诊。
因乳腺囊肿恶变率低，故多数体积较大的囊肿均可在超声引导下行抽吸术治疗。抽吸术是指利用穿刺方式，将囊液抽出的治疗手段。大部分囊肿经过一次抽吸就可以治愈，小部分囊肿需要抽吸2～3次。若存在复发性、或进行性增大的囊肿，需医生进一步评估再行治疗。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
乳腺囊肿尚无确切的药物治疗方案。部分研究认为，使用避孕药来调节月经周期可能有助于减少单纯囊肿的复发，但由于可能存在明显的副作用，避孕药或其他激素疗法，如他莫昔芬，通常仅推荐用于症状严重的女性。若积乳囊肿伴发感染，使用抗生素治疗。
乳腺囊肿一般情况无需治疗，只有在特殊情况下才需要手术切除乳腺囊肿，例如伴有不适症状的乳腺囊肿频繁复发，或乳腺囊肿囊内液体含血液，或有其他令人担忧的迹象，则可考虑手术，目前多采用真空辅助乳腺微创旋切术治疗。
真空辅助乳腺微创旋切术又名“麦默通”，该手术主要由旋切刀和真空抽吸设施组成，通过真空抽吸将病变部位吸入旋切刀的凹槽中，内套针反复运动切除病变部位，然后传输装置将切下的标本从旋切刀的外套针中送出。
主要适用于：
其优点在于切口微小、隐蔽、手术时间短、出血少、愈合快、术后乳房塌陷或畸形发生率低等特点。术后常见的并发症为局部血肿，术后可局部加压包扎，必要时热敷可一定程度上减少血肿的发生。
中医认为，乳腺囊肿主要与肝脾两脏关系密切, 病机为肝郁气滞、痰凝血瘀、冲任失调, 因此可行中药疏肝解郁, 化痰散结, 调理冲任。
中医治疗乳腺囊肿常采用中药外敷联合局部穿刺抽吸法。两者配合, 既能调理内分泌失调之本, 又能消除囊肿之标, 标本同治而取得了较好的临床疗效。
