应与下列疾病相鉴别：
1.疣状皮肤结核 需与寻常疣相鉴别，但它为不规则的疣状斑块，周围有红晕，常伴有结核中毒症状。
2.鸡眼 需与跖疣鉴别。其压痛明显，表面平滑。
3.毛囊上皮瘤及汗管瘤 有时需与扁平疣相鉴别。此两者好发于眼附近，组织学改变完全不同。
4.乳头状瘤 较尖锐湿疣大，有的直径可达4～8cm，病程慢，常无症状，多发生在老年妇女，需送病理检查确诊。
5.二期梅毒扁平疣 多为单发，边缘清楚、整齐，基底平坦清洁，质硬而不痛的硬性下疳。梅毒血清反应可作为诊断依据。
6.生殖器鳞状细胞癌 多见于40岁以上的人，无不洁性交史，浸润损害明显，常形成溃疡，组织病理检查可以确诊。
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