肾脓肿最大的并发症就是脓肿由肾皮质向外溃破，形成肾周围脓肿，甚至因为高热感染控制效果不好，可能出现全身发热现象，也就是出现脓毒血症。
对于肾脓肿绝大多数都是发生在肾实质的小脓肿，也就是肾疖，小脓肿融合扩大成为一个大的脓腔就是肾痈。最常见的致病菌就是金黄色葡萄球菌，也可能是大肠挨希氏菌以及变形杆菌感染导致。绝大多数肾脓肿都是由于身体其他部位的感染，通过血行播散导致。常见的有肺部感染、急性化脓性扁桃体炎、骨髓炎、前列腺炎以及背部的疖、痈、龋齿等。
发现肾脓肿后，必须及时进行广谱抗菌素输液治疗，一般可以有效的控制，如果控制不好就会导致并发症的发生。
