原发性可能与营养条件、生活环境、职业、内分泌紊乱及自身免疫疾病相关。继发性常继发于长期鼻炎或与鼻腔手术组织切除过多有关。
原发性萎缩性鼻炎和继发性萎缩性鼻炎的病因各不相同。
病因尚不明确，目前一般认为是内外多因素共同作用的结果。
发展中国家发病率较发达国家更高，我国80年代后发病率较之前降低，表明本病可能与生活环境、营养条件有关。
本病遗传倾向明显，目前认为是一种多基因遗传病。研究表明，不同人种发病率不同，黄种人和南欧较常见，非洲人罕见，表明本病可能与人种也有关系。
长期受到粉尘、有害气体等的刺激，以及长期处于高温干燥环境中，会对鼻腔黏膜造成损害。
本病女性发病率高于男性，且月经期间症状多有加重，而30岁后出现不同程度的减轻，考虑其发病与女性内分泌功能的紊乱有关。
免疫学研究表明，多数患者存在免疫功能的紊乱，提示这可能是一种自身免疫性疾病。
目前关于此型的资料较少，其共同特点是鼻部长时间的创伤和炎症。
慢性鼻炎鼻窦炎患者，鼻腔长期存在脓性分泌物，刺激鼻腔黏膜，或因慢性炎症而出现结缔组织过度增生产生压迫效果，阻碍血液循环，造成鼻腔黏膜血供的不足，从而引起鼻黏膜萎缩。
一些鼻腔手术中，过多的切除鼻腔组织，特别是下鼻甲，会造成鼻腔异常宽大，过度通气，最终发生萎缩性鼻炎，这也是成年患者的主要病因之一。
一些特殊的传染病（如结核、梅毒、麻风等）可造成鼻黏膜损害，遗留萎缩性改变。
