1.精神发育迟滞 突出表现为智力较同龄儿童明显低下，并伴有社会适应缺陷，但无异常的社会关系、人际交往、明显的兴趣狭窄及刻板重复动作等障碍。若患者除智力障碍以外，还有与智力发育水平不相当的突出语言发育问题、明显的社会交往问题，则应诊断为伴有精神发育迟滞的孤独症。孤独症的认知障碍和精神发育迟滞的区别在于：孤独症智力的各方面发展不平衡，精神发育迟滞则是智力全面发育低下，智力测验各分量表得分都普遍性低下。ABC量表可用于两种病的鉴别。
2.精神分裂症 一般学龄前发育正常，起病年龄多在学龄期以后，主要表现为幻觉、妄想及思维破裂等精神分裂症核心症状，语言和智力发育正常，抗精神病药物可以明显改善临床症状。孤独症是从幼年期以前起病，也可能出生以后就显示出发育迟滞，以语言、社会交往、智能等方面发育问题为主要临床表现，药物治疗对这些症状效果不明显。
3.注意缺陷与多动障碍(ADHD) 具有活动过多、注意缺陷、冲动行为，且常有学习困难和品行障碍。孤独症儿童虽常有活动过多和注意力涣散，但突出的是具有社会交往困难等特征。
4.选择性缄默症 病儿讲话有明显的选择性，在社交场合拒绝讲话，但能理解别人的话，常伴有社交焦虑、退缩、敏感或抵抗，而在家与家人可正常交谈。孤独症病儿在所有场合均有语言异常特征，在行为形式上与选择性缄默症明显不同。
5.感受性语言发育障碍 这是一种特定的发育障碍，病儿对语言的理解力低于其智龄所应有的水平，几乎所有病儿的语言表达都受损害，这类病儿在5岁以前，可有某些孤独症行为表现，如社会交往障碍，但缺乏孤独症儿童特有的感觉过敏或麻木的感知障碍。这类言语障碍病儿能利用手势和表情与人交往，且有想象性游戏活动，而这些能力孤独症儿童是缺乏的。对高功能孤独症可应用神经生理定量测定与该病鉴别。
