我国小儿心肌炎主要由病毒感染引起。但在全球范围，可引起小儿心肌炎的病因有很多，包括多种病原体感染，同时也可伴随自身免疫性疾病、超敏反应和毒素损伤等因素。
我国小儿心肌炎多因病毒感染导致，病原体包括肠道病毒（特别是柯萨奇病毒B组、轮状病毒）、腺病毒、流感病毒、EB病毒、巨细胞病毒、细小病毒B19、单纯疱疹病毒、水痘及带状疱疹病毒、风疹病毒、埃可病毒、流行性腮腺炎病毒、丙型肝炎病毒、登革热病毒、黄热病病毒、狂犬病病毒等。
年龄小、体质差、免疫功能低下、服用激素等药物、接触化学品或辐射等多种因素均可诱发小儿心肌炎。
