肺部真菌病的临床及X线表现多无特异性，易与肺部常见疾病如肺结核、肺炎、寄生虫病、肺肿瘤、慢性支气管炎等混淆。气道侵袭性曲霉菌病没有特异性，类似于细菌性、支原体性、病毒性支气管炎或支气管肺炎，应予鉴别。

　　1.细菌性肺炎：在儿童、老年人和免疫抑制患者中病死率极高。常有受寒、劳累等诱因或伴慢性阻塞性肺病、心力衰竭等基础疾病，有上呼吸道感染史。多数起病较急。发热常见，多为持续高热，抗生素治疗后热型可不典型。可做痰培养分离致病菌来明确诊断。

　　2.支原体、衣原体肺炎：可无明显症状。常有声音嘶哑、干咳、有时发热、咽痛等咽炎、喉炎、鼻窦炎、中耳炎和支气管炎等症状，且可持续数周之久，发生肺炎通常为轻型。可进行呼吸道分泌物或灌洗液培养、核酸杂交技术、免疫印迹法明确诊断。另外，衣原体、支原体肺炎对大环内酯类抗生素有效，有助于鉴别诊断。

　　3.卡氏肺孢子虫肺炎：常发生于免疫低下者，病变局限于肺内。临床表现为发热、咳嗽和进行性气促、紫绀。肺功能示肺容量减少、CO2弥散量及运动后氧分压下降。可做下呼吸道分泌物或BALF涂片哥氏银染色或吉姆萨染色发现特异性囊内结构而确诊。亦可用PCR技术检测卡氏肺孢子虫特异性DNA而明确诊断。

　　4.病毒性肺炎：是由上呼吸道病毒感染，向下蔓延所致的肺部炎症。本病一年四季均可发生，但大多见于冬春季节，可暴发或散发流行。临床主要表现位发热、头痛、全身酸痛、干咳及肺浸润等。病毒性肺炎的发生与病毒的毒力、感染途径以及宿主的年龄、免疫功能状态等有关。一般小儿发病率高于成人。