本病只有手术治疗，一般需分次手术，分别矫正睑裂短小、内眦间距过宽和上睑下垂。
1.睑裂短小矫正
轻度睑裂短小采用内眦成形，内眦赘皮矫正。
2.外眦成形
睑裂过于短小内眦成形联合外眦开大成形。
3.上睑下垂矫正
一般先天性小睑裂综合征都是重度上睑下垂，所以通常利用额肌悬吊术矫正上睑下垂。
手术时机：一方面要考虑提上睑肌自身发育，一方面要防止形成弱视，因此手术宜选择在3～5岁以后、学龄前进行。分次手术者两次手术间隔应在半年以上。
手术适应证：参照上睑下垂手术适应证，如合并眼球上转肌麻痹，患儿闭目时眼球不能上转（Bell现象不存在）时，术后易发生暴露性角膜炎，手术应特别慎重。另外由于内、外眦开大术皮肤瘢痕较多，已知为瘢痕体质者选择手术要慎重。
