先天性肠闭锁的治疗： 肠闭锁确诊后，应在纠正水、电解质的紊乱及酸碱平衡失调后，立即手术治疗，十二指肠闭锁可行十二指肠、十二指肠吻合术或十二指肠、空肠吻合术，空、回肠闭锁则在切除两侧盲端后行端端吻合，术中应切除闭锁近端扩大肥厚、血供差的肠管，以防止发生术后吻合口通过障碍，结肠闭锁多先作结肠造痿，二期行关瘘、吻合术。
先天性肠狭窄的治疗：肠狭窄以切除狭窄肠段后行肠端端吻合效果为好。
先天性肠旋转不良的的治疗：有明显肠梗阻症状时，应在补充液体、纠正水、电解质紊乱，放置鼻胃管减压后，尽早施行手术治疗，手术的原则是解除梗阻，恢复肠道的通畅，根据不同情况采用切断压迫十二指肠的腹膜索带、游离粘连的十二指肠或松解盲肠；肠扭转时行肠管复位，有肠坏死者，作肠段切除吻合术。
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