在该病高发区，医生通过询问病史、症状即可初步判断是否患有血吸虫病。随后，通过检测血清中血吸虫抗体或抗原是否阳性、观察粪便或直肠活检组织是否有虫卵，可确诊是否患病。
血吸虫病患者一般具有疫水接触史；血清学血吸虫抗体、抗原阳性；大便、直肠黏膜存在虫卵这三大特征。
要和败血症、疟疾、伤寒、副伤寒、急性粟粒性肺结核、病毒感染以及其他肠道疾病相鉴别。急性血吸虫病患者一般有疫水接触史，大便虫卵阳性，同时伴发高热、肝脏肿大压痛、嗜酸性粒细胞增多症状。
要与慢性菌痢、阿米巴痢疾、溃疡性结肠炎、肠结核、直肠癌等相鉴别。慢性血吸虫病可伴有慢性腹泻、粪便或直肠黏膜活检可见陈旧性虫卵等。
要与门脉性肝硬化以及其它原因所导致的肝硬化相鉴别。血吸虫病患者门脉高压腹壁静脉怒张改变较为突出，脾肿大明显。
肺血吸虫病要和支气管炎、粟粒性肺结核和肺吸虫病相鉴别；脑血吸虫病要和流行性乙脑相鉴别。异位血吸虫病患者与其他患者不同的是，其血清血吸虫抗原阳性。
