医生会进行全身细致的查体，着重会进行腹股沟淋巴结的触诊及龟头肿块的触诊。
由于阴茎癌大部分为鳞癌，鳞状上皮细胞癌抗原（SCC）的检查可以一定程度上反应肿瘤的负荷（复合）及监测治疗疗效。
检查白细胞计数等，鉴别是否为炎症感染。
适用于判断肿瘤有无侵犯阴茎海绵体白膜，及是否有腹股沟淋巴结转移，但对于早期病变的浸润深度评估欠佳。
对于病变部位检出较敏感，注射前列腺素诱导勃起后行MRI检查可提高其成像质量。
阴茎肿物的病理检查是确诊阴茎癌的重要检查手段，对于可能有腹股沟淋巴结转移的患者可以考虑进行细针抽吸活组织检查或淋巴结切除活检，以此判断患者是否存在腹股沟淋巴结转移，这对于患者的治疗方式及预后有重要作用。
