阴茎癌治疗以手术、放射治疗为主。
手术治疗为目前主要治疗手段之一，越早确诊，尽早手术，越有利于清除癌变组织，预后越好。早期手术范围较小，更有利于保留性功能。对于癌变进展的患者，手术之外，还需进行放化疗治疗。
阴茎癌的一般治疗主要是抗感染治疗，患者常有癌肿部位破溃、流脓。若癌肿部位有明显红肿热痛等感染情况，医生会对局部清洗换药及使用抗生素治疗，并进行脓液细菌培养，明确病原菌种类，指导抗生素的使用。
放疗是阴茎癌重要治疗方式之一，放射治疗可以保存阴茎形态、性功能及患者站立排尿功能，并可提高患者生存率，也可作为术前、术后的辅助治疗应用在阴茎癌的治疗中。
早期阴茎癌患者进行放射治疗后与手术治疗效果基本相当，放疗局部控制率在80%~90%，5年生存率在65%左右，且可保留患者阴茎正常功能。放射治疗失败后再做手术，仍可挽救部分患者生命。
阴茎癌病理类型多为高分化鳞癌，对化疗相对不敏感，化疗主要用于阴茎癌（龟头癌）的辅助治疗及联合治疗。
包皮环切术/肿瘤局部切除术适用于局限于包皮早期小肿瘤，深部无浸润，无淋巴结转移。注意：若仅行包皮环切术需要定期复查，严密观测。
阴茎部分切除术适用于早期局限于阴茎头、无淋巴结转移的患者。能保留部分性能力及直立排尿能力，生活质量高，5年生存率90%以上。阴茎部分切除术2年后如无明显复发征象，可行阴茎再造术，可一定程度恢复性能力及改善外观。
阴茎全切术适用于浸润性阴茎癌。阴茎部分切除术后出现复发也应行阴茎全切术。
阴茎癌主要转移方式为淋巴转移，腹股沟及髂血管淋巴结为阴茎癌主要淋巴结转移区域。
腹股沟淋巴结清扫的手术指征目前学界尚无定论，应根据患者情况进行淋巴结清扫术。对于有淋巴转移的阴茎癌患者应尽可能行淋巴清扫手术，而对于不能触及淋巴结转移的患者是否行淋巴清扫术尚有争议。
该疾病的中医治疗暂无循证医学证据支持，但一些中医治疗方法或药物可缓解症状，建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
对于较小的表浅肿瘤除可采取局部切除、包皮环切等手术切除治疗模式，还可采用电灼或激光疗法 ，可以控制病变还能保留阴茎的生理功能。但若仅行电灼或激光疗法需定期复查，严密观测。
西妥昔单抗在龟头癌伴转移的患者中有抗肿瘤活性的功能，并且能增强以顺铂为基础的化疗方案的效果。
