羊水穿刺术作本身具有一定的风险性，可能出现以下相关并发症：
如果孕妇已存在感染，或者术者未能严格遵循无菌操作，穿刺可能并发细菌感染。如果引起感染表现，早期可行抗生素治疗，但某些感染病原体不明确，有并发流产的可能性。
医生严格掌握适应证及禁忌证，并严格进行消毒，可以减少感染发生。
如果穿刺时损伤腹壁血管、胎盘血管、脐带或胎儿，可导致出血。
对于腹壁血管出血，会给予局部压迫止血。为减少出血发生，穿刺时患者需要安静配合，医生需要谨慎小心操作。
如果操作过程中损伤肠管，可引起腹膜炎，出现腹部疼痛，严重时需要手术治疗。肠管损伤极为罕见。
操作过程中穿刺针有可能刺伤胎儿。因此，羊水穿刺一般在超声引导下确定穿刺位置及深度，尽可能避免损伤胎儿。
羊膜腔穿刺通常不需要进行麻醉。
羊水穿刺术后可能出现感染、出血、羊水渗漏等并发症，具体如下：
如果不注意穿刺部位卫生，可能导致穿刺部位感染，但比较罕见。穿刺后穿刺部位应使用无菌辅料覆盖，24小时内避免沾水。
