诊断智齿冠周炎之前，必须排除其他引起疼痛和炎症的原因。
下颌智齿冠周炎伴有面颊瘘时，易误诊为第一磨牙炎症。第一磨牙炎症引起的面颊瘘是由于根尖周炎导致，探针或触诊能感受到瘘管是直接与第一磨牙的根尖相连，并且第一磨牙有叩击痛，X线片可见根尖周围有阴影。而智齿冠周炎，X线片上不会看到第一磨牙的根尖阴影破坏。
智齿本身或邻近牙齿的龋坏也会引起后牙区域疼痛，但是龋齿引起的牙痛主要表现为牙齿敏感，即在进食冷、热、酸、甜的食物时感觉到明显的不适，但是不进食的时候往往无明显症状。此外，龋坏的牙齿表面一般发黑，或可见龋洞。智齿冠周炎的疼痛与食物属性往往没直接关联。
食物嵌塞主要表现为牙间隙的龈乳头发炎，牙龈红肿，或牙龈退缩。一般解除食物嵌塞后疼痛便能缓解。此外，造成食物嵌塞的主要原因是牙齿之间的接触点结构不良、不良修复体、咬合关系不良等。
以50岁以上中老年人多见，确切病因尚不清楚，是分布在三叉神经区的短暂、剧烈疼痛，有明显的触发点，触发点多位于鼻翼、口角和眼睑。随着病情迁延，可出现面部麻木。智齿冠周炎没有触发点，并且一般是发生在青年阶段。
虽然颞下颌关节紊乱的疼痛也可能发生在智齿冠周炎发生的区域，但是前者是由于关节结构改变，比如关节盘移位、关节囊扩张引起的，表现为关节局部疼痛，随关节活动而加重，特别是随着向后、上的关节负重的压力和触诊而加重。
扁桃体炎大多数是病毒引起，少数是链球菌引起， 虽然也会出现吞咽困难、口臭等症状，但它的主要症状是喉咙痛，咽喉红肿，伴有发热、头痛、流鼻涕、淋巴结肿大等，这些都与智齿冠周炎不同。如果是病毒引起，会自行缓解；如果是细菌引起，需要抗生素治疗。
