治疗智齿冠周炎的主要目的是及时解除患者疼痛，消除炎症。急性期过后，一般对患牙采用外科手术治疗。
急性期应该以消炎、镇痛、切开引流、增强全身抵抗力等治疗为主，主要步骤大致如下。
用1%～3%过氧化氢溶液、生理盐水、1：5000高锰酸钾液、0.1%氯己定液等反复冲洗盲袋，直到有清亮液体流出为止。
可配合牙周器械清创，去除菌斑、结石和食物残渣等以及坏死组织和脓液。
如果局部已形成脓肿，应及早切开并放置引流条，避免炎症扩散。
患处局部放入3%碘甘油或盐酸米诺环素软膏，以起到消炎、防腐、收敛的效果。
降低过度伸长的对颌牙，消除创伤根源。
当炎症转入慢性期，若确定是不能萌出的阻生智齿，则应尽早拔除，防止复发。
智齿冠周炎如果症状比较轻，可以在家用温盐水漱口，清理干净龈袋里的食物残渣；如果症状比较严重，建议尽快就医，尤其是急性冠周炎。
注意保持口腔卫生，用漱口水或者盐水含漱。漱口水可以选择复方氯己定含漱液、聚维酮碘漱口液或复方多肽溶菌酶漱口水。
每天规律、正确刷牙。可以使用牙线、小头牙刷、牙间刷、家用冲牙器等清理牙缝，防止食物残渣堆积。
支持疗法：由于上呼吸道感染、疲劳、失眠、精神抑郁等经常会诱发该病，所以，应该重视全身支持疗法，如适当休息，注意清淡饮食，不要吃太热、太辣、太油腻的食物等等。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
药物治疗是辅助治疗手段。急性治疗智齿冠周炎后，如果有全身体征和症状，如面部或颈部肿胀、颈部淋巴结炎、发热或不适，可口服3～5天的抗生素。可选择的抗生素有甲硝唑和克林霉素，同时医生也会根据疼痛程度，给予阿司匹林、布洛芬等常用止疼药。
主要治疗厌氧菌引起的炎症，由于智齿冠周炎患者的龈袋内聚集了大量厌氧菌，甲硝唑是治疗该病的较好选择。需要注意的是，怀孕初期的孕妇禁忌服用，怀孕后期则没有禁忌，哺乳期女性不建议服用。
也主要用于厌氧菌引起的炎症，最常见的副作用有恶心、呕吐、红疹和注射部位的疼痛。克林霉素可以安全用于孕妇。
患者处于慢性期时，症状轻微，在家可以通过温盐水漱口缓解，但也需要尽早去口腔科拍片做进一步检查，根据医嘱判断是否做预防性的智齿拔除术；如果炎症进入急性期，则应马上去医院，及时治疗。
如果龈瓣附近形成脓肿，需要及时切开，排出脓液，并置橡皮条或碘仿纱条引流。
这是一个常见的口腔小手术，切除受影响的软组织覆盖物，有利于保持口腔清洁，防止菌斑形成和随后的炎症。如果患牙位置正，能够正常萌出，并且能与对颌牙行使正常咀嚼功能，可以实施冠周龈瓣切除术。通常，此类切除术是用手术刀、电刀、激光进行，一般7天可痊愈。
当所涉及的智齿牙位不正、没有足够的萌出空间，或者结构损伤过大不易恢复，或者对颌牙位置不正或已拔除者，应当尽早拔除引起冠周炎的智齿。如果患者伴有颊瘘的症状，拔牙的同时应切除瘘道，刮尽肉芽，缝合瘘口。
该疾病的中医治疗暂无循证医学证据支持，但一些中医治疗方法或药物可缓解症状，建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
