1.风疹：致肠细胞病变人孤儿病毒感染一般表现为夏季发病、无瘙痒、也无颈后和耳后淋巴结肿大;而风疹则是耳、枕骨下淋巴结肿大，有压痛且主要发生于婴儿。
2.轮状病毒和致病性大肠杆菌引起的腹泻：肠细胞病变人孤儿病毒感染一般表现是以腹泻为主要症状，一般不出现脱水症状且多见于婴儿;而轮状病毒性腹泻好发于秋冬季，它与大肠杆菌引起的腹泻脱水症状均较明显。
3.柯萨奇病毒感染：分为A和B两类， A型感染儿童多见，临床表现主要特点为急性发烧、皮疹。脑膜脑炎伴有Guillain-Barré综合征和急性病毒性心肌病。
