直肠炎可由淋病、生殖器疱疹、衣原体感染等感染性疾病引发，也可能由粪-口途径（食物中细菌含有沙门氏菌，志贺氏菌和弯曲杆菌等）的引起感染。病原体可以直接侵袭肠黏膜造成损伤，其产生的肠毒素也可以引起肠道上皮细胞变性、坏死。
炎症性肠病可侵及直肠，约30％直肠炎患者同时患有炎症性肠病（克罗恩病或溃疡性结肠炎）。
放射线可引起肠道组织细胞凋亡，从而破坏肠道的保护屏障，出现肠道免疫失衡、菌群失调，增加肠道感染机会。
消化道嗜酸性粒细胞异常浸润为特征的炎症性疾病，释放许多细胞毒性物质导致器官损伤或功能障碍，可以累及消化道全长或某一部分。直肠炎为其中一种。
直肠内的异物（如未消化的骨片、木片或其他有锐利角的异物）可直接损伤直肠黏膜而发生直肠炎。严重便秘时，坚硬的粪块也可引起直肠炎。
肛交并采取无保护性行为、多个性伴侣，将增加直肠感染性传播疾病发生的机会。
未消化的骨片、木片或其他异物，可直接损伤直肠黏膜而发生直肠炎。严重便秘时，坚硬粪块可引起直肠炎或直肠溃疡。
进食不洁食物可感染病原菌，如沙门氏菌，志贺氏菌和弯曲杆菌感染等，进而引起直肠炎。
广谱抗生素（特别是林可霉素、氯林可霉素、氨基苄青霉素、羟氨苄青霉素等）的不合理应用，抑制了肠道内的大部分正常菌群，而艰难梭菌等大量繁殖，引发直肠炎。
针对直肠及其附近区域（如宫颈、前列腺）的放射治疗可导致直肠黏膜损伤，引起直肠炎症。放射性直肠炎可以在放射治疗期间出现，并且在治疗后持续几个月，也可以在治疗后数年发生。
遗传性过敏体质的人群在过敏原刺激下可能促发嗜酸细胞性直肠炎。过敏原种类多样，食物中牛奶、大豆 、小麦、鸡蛋、花生、海产品等，环境中的动物毛发、粉尘等物品都可能成为过敏原。
粪便流转术、患者精神异常或自身免疫损伤均可能诱发溃疡性直肠炎。
