真菌感染的治疗包括预防治疗、经验性治疗和确诊治疗。
其中预防治疗主要针对血液病中易发生侵袭性真菌感染的极高危患者，如急性髓性白血病和异基因造血干细胞移植患者，在尚未发生真菌感染前给予抗真菌药，如氟康唑、伊曲康唑、两性霉素B等；经验性治疗是指高度怀疑真菌感染，但还没有确切依据时经验性应用抗真菌药物；确诊治疗是根据患者无菌体液或组织病理证实为真菌感染的治疗，属于针对真菌具体种类采取的特异性治疗。
真菌感染必须及早治疗。如隐球菌性脑膜炎可用两性霉素B或其脂质体与5-FC联用，必要时加鞘内注入两性霉素B。其他真菌感染可选用三唑类、棘白菌素类及丙烯胺类等抗真菌药物。
根据病情一般选择三唑类、丙烯胺类抗真菌药口服或外用抗真菌药膏即可。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
抗真菌感染时需考虑致病真菌的种类、患者自身病情等因素，合理选择抗真菌药物。同时，应注意由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。常用药物如下：
属于三唑类抗真菌药物，具有广谱抗真菌的优点，对浅表真菌及深部真菌均有抗菌作用。适用于治疗深部真菌引起的系统感染，如球孢子菌病、着色真菌病、孢子丝菌病、组织胞质菌病以及皮炎芽生菌病等，以及浅部皮肤真菌病，如头癣、体癣、股癣、手足癣、甲癣等，还有念珠菌病、曲真菌病和真菌性角膜炎。
氟康唑是新型三唑类广谱抗真菌药，能较强抑制真菌的固醇合成及真菌生长，适用于念珠菌病、隐球菌病、球孢子菌病及芽生菌病，亦可用于艾滋病患者的隐球菌脑膜炎、口腔念珠菌感染。
特比萘芬是广谱丙烯胺类抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的形成而达到抑菌与杀菌的双重作用，适用于皮肤癣菌引起的感染，如手癣、足癣、体癣、头癣、甲癣及念珠菌引发的皮肤感染。
卡泊芬净是一种多肽类抗真菌药，可以抑制真菌生长所必需的合成酶转运而起到治疗作用，适用于念珠菌病、曲菌病、孢子丝菌病。
碘化钾可提高机体特异性或非特异性免疫力而起到防治作用，是治疗孢子丝菌病的首选药，对真菌性肉芽肿也能起到辅助治疗效果。
常用药物为两性霉素B及其脂质制剂，通过使细胞膜通透性增高，细胞内重要成分如钾离子、核苷酸和氨基酸等外渗，并致细胞迅速死亡，从而发挥杀菌作用。两性霉素B主要用于曲霉、念珠菌、隐球菌、荚膜组织胞浆菌、马尔尼菲篮状菌等真菌引起的深部感染。
常用药物为氟胞嘧啶，通过进入真菌细胞内干扰嘧啶的生物合成，从而抑制核酸合成，达到杀菌作用。对隐球菌和念珠菌有良好抗菌作用，一般不常规单独应用于深部真菌感染，多与两性霉素B或氟康唑协同使用。
对局限性真菌感染手术治疗效果甚佳，如肺真菌球、脑部真菌肉芽肿等。
应用两性霉素B时注意防止低血钾。
