本病属于深部真菌感染而致病。临床上较为少见。一般可无特殊症状和体征，因此诊断真菌性肠炎有一定困难。诊断本病主人依据有长期粘液样腹泻、便秘交替出现的病史，并经抗生素、磺胺等久治不愈。而经抗真菌药治愈者，在结肠内窥镜下，有的可见到肠腔痉挛或有较多的黄白色稠性分泌物。有的肠壁可见多个表面呈黄色的溃疡改变。确诊本病除在结肠粘膜组织标本中发遭到真菌外，主要需多次真菌培养，呈阳性者并证实为同一菌种。在真菌组织的染色检查中往往由于真菌数量少，苏木素一伊红着色不良，而被忽略，但用PASD及Gram特殊染色性，阳性率高，易于诊断。

　　白色念珠菌累及结肠，约有85.5%的患者出现腹胀，泡沫样腹泻，或便秘交替出现。早期为粘液样称便，偶有便血或带血丝，其特点是粘稠似蛋清附于大便上，或全部粘液便。后期为脓性或脓血样稀便，或无明显的脓血便。出血多时为暗红色糊状粘液便。腹痛及压痛不明显。

　　消化道放线菌侵犯回盲部时，表现为右下腹隐痛，局部常出现坚实而有压痛的肿块。当腰大肌受到炎症刺激时，可发生右髂屈曲畸形，阑尾手术后有的可发生一个或多个慢性持久性的瘘道。因此，本病易与阑尾炎、阑尾脓肿或包块、回盲部结核、盲肠阿米巴、盲肠癌、腰大肌脓肿、女性生殖附件肿瘤等相混淆。直肠放线菌可形成亚急性或慢性肛周脓肿、坐骨直肠窝脓肿或直肠旁脓肿。直肠周围病变多由腹内病变波及而来，表现为腹泻、便秘、里急后重或较稀带黄色颗粒的脓血便。