㈠一般治疗：少数患者在健康情况较差时发病，一般给予高营养、易消化，调节电解质平衡或输血等支持疗法。若合并有其他的结核病、糖尿病等慢性疾病者，应同时给予必要的治疗。

　　㈡抗真菌治疗：

　　1、白色念珠菌性炎：一般口服克霉唑，每次1g，1日3次。制霉菌素100万U，口服1日3次。有报道，用酮康唑(ketoconazole)0.4g/日，边服3周，治愈。其他还有碘化钾饱和溶液(即碘化钾50g和蒸馏水50ml)，每日3次，每次10滴。以后每日加5滴直至30～40滴，每日3次温开水冲服。大蒜素胶囊3～4粒，每天3次，饭后服，能有效地控制病损。苦参30g加水200ml煎至60～70ml，每日1次保留灌肠，10次为一疗程。也收到显著疗效。有些患者有反复发作的倾向，可能与机体细胞免疫功能低下有关，可试用转移因子治疗。

　　2、毛霉菌性肠炎：早期可用X线照射。中晚期可手术切除凝固法治疗。通常口服异菸肼0.1g，每日3次。维生素D₂1～2万U，每日3次，同时给予碘剂，如碘化钠1g静脉，每日1次，逐渐增至3g。长期注射两性霉素B，0.1～0.2mg/kg，静滴，每日1～2次，渐增至每次1mg/kg。静滴时，用蒸馏水或5%葡萄糖稀释，不可用生理盐水，以免沉淀。4～8周为一疗程，总量可达3g。治疗期间，如尿素氮大于0.6g/L，需暂停用药。该药毒副作用较大，可引起静脉炎、恶心、呕吐、厌食，严重者全身不适、肾功能障碍、肾曲小管坏死和液化、蛋白尿、管型尿、无尿等症状。

　　3、曲菌性肠炎：可用两性霉素B注射治疗。同时服用大剂量碘化钾液，每日20～30g，服3～4周，如系肉芽肿性损害，可用手术切除。

　　4、隐球菌性肠炎：本病无特殊治疗。可试用两性霉素B、克霉唑、制菌霉素、口服碘化钾、磺胺嘧啶或局部照射X线治疗。或两者同时应用。局限性的也可作手术切除。