须与外源性过敏性肺泡炎相鉴别的有病毒性肺炎，粟粒性肺结核，结节病，特发性肺纤维化，支气管哮喘。外源性过敏性肺泡炎与支气管哮喘的鉴别见后。
(一)x线按病期和疾病程度而异。早期或轻症患者可无异常发现，有时临床表现和x线改变不相一致。典型病例急性期在中、下肺野见弥漫性肺纹理增粗，或细小、边缘模糊的散在小结节影。病变可逆转，脱离接触后数周阴影吸收。慢性晚期，肺部呈广泛分布的网织结节状阴影，伴肺体积缩小。常有多发性小囊性透明区，呈蜂窝肺。
(二)肺功能典型改变为限制性通气障碍，用力肺活量和肺总量减低，1秒率增高。一氧化碳弥散量和肺顺应性均减低。重症和晚期患者动脉血氧饱和度降低。慢性期患者肺功能损害多为不可逆的。
(三)血清学检查沉淀抗体阳性反应提示人体曾接触相应的抗原。如果有相应接触史、症状和体征、x线表现，阳性反应对诊断极有帮助。
(四)支气管肺泡灌洗外源性变应性肺泡炎的支气管肺泡灌洗液中，淋巴细胞比例增高，igg和igm的比例也增高。近年来许多作者认为支气管肺泡灌洗液对外源性变应性肺泡炎的诊断价值很大，可以免作肺活检，有助于早期治疗、阻止病期发展。
(五)激发试验如临床疑诊此病，而血清学检查阴性患者，可作激发试验。有作者对农民肺用发霉干草提取液作雾化吸入，大部分患者有反应，如发热、白细胞增多，每分钟通气量增加等。而对照组无反应。由于外源性变应性肺泡炎激发试验未标准化，对于已经肯定能引起肺部症状的抗原，不宜作此试验，尤其是肺功能损害较为严重者。
