1.慢性细菌感染 多次粪便常规及培养有阳性发现，以及充分有效地抗生素系统性治疗，症状改善明显，可明确诊断。
2.慢性阿米巴痢疾 多次大便找阿米巴及甲硝唑试验治疗可明确诊断。
3.血吸虫感染 血吸虫疫区病人可作乙状镜检查，取直肠黏膜找血吸虫卵，或用粪便孵化法和其他方法加以鉴别。
4.吸收不良综合征 有腹泻，但大便中常有脂肪和未消化食物。
5.肠肿瘤 小肠的良性小肿瘤可发生腹泻和间歇性发作的部分肠梗阻。结肠肿瘤也可以出现类似肠道功能性疾病的症状。特别是对老年人应注意。可进行X线钡剂造影检查或结肠镜检查以明确诊断。
6.溃疡性结肠炎 有发热、脓血便等异常表现。经X线钡剂造影或结肠镜检查可以鉴别。
7.克罗恩病 常有发热、贫血、虚弱等全身症状。X线钡剂造影或结肠镜检查即可鉴别。
8.乳糖酶缺乏 乳糖耐量试验可以鉴别。乳糖酶缺乏有先天和后天之分。临床表现为吃乳制品后有严重的腹泻，大便含有大量泡沫和乳糖、乳酸。食物中去掉牛奶或奶制品，症状即可改善。酸牛奶经乳酸菌将乳糖分解，可供这类病人食用。
9.胃肠道内分泌肿瘤 促胃液素瘤可出现严重的腹泻和顽固的溃疡病，血清促胃液素水平极高，一般治疗无效。血管活性肠肽瘤(Vipoma)也引起严重腹泻;血清VIP水平增高。
10.甲状腺疾病 甲状腺功能亢进可出现腹泻。甲状旁腺功能亢进可出现便秘。可作甲状腺、甲状旁腺功能检查以进行鉴别。
肠易激综合征(IBS)的诊断标准 在过去，对IBS的表现曾有过很多医学名称，如神经性结肠炎、过敏性结肠炎、结肠痉挛、粘液性结肠炎、结肠功能紊乱等，但这些名称大多数定义不准确。 例如：结肠炎意味着结肠的炎症，然而肠易激综合征不会引起炎症的病变。 目前采用国际认同的罗马Ⅱ诊断标准对IBS进行诊断: (1)在过去12个月内至少累计有12周(可以是非连续性)存在腹部不适或腹痛;并伴有下列特点中至少2项: ① 腹痛或腹部不适在排便后缓解; ② 腹痛或腹部不适发生伴随排便次数改变; ③ 腹痛或腹部不适发生伴随粪便性状改变。 (2)以下症状不是诊断所必备,但属常见症状,这些症状越多越支持IBS的诊断: ① 排便频率异常(每天排便>3次或每周<3次); ② 粪便性状异常(块状/硬便或稀水样便); ③ 粪便排出过程异常(急迫感、排便不尽感、费力); ④ 粘液便; ⑤ 胃肠胀气或腹部膨胀感。 (3) 缺乏可解释症状的形态学改变和生化异常。
