肠激惹综合征以腹痛、腹胀、腹泻及便秘等为主诉，伴有全身性神经官能症状。鉴别诊断时应根据其以哪种症状为主与相应疾病相鉴别。如腹痛为主者应与引起腹痛的疾病鉴别。腹泻为主者应与引起腹泻的疾病鉴别，其中乳糖不耐受症常见且鉴别困难。以便秘为主者应与引起便秘的疾病鉴别，其中习惯性便秘及药物不良反应引起的便秘常见。
诊断标准：1986年我国制定的IBS临床诊断参考标准为：
1、以腹痛、腹胀、腹泻或便秘为主诉，伴有全身性神经症状(症状持续或反复超过3个月)
2、一般情况良好，无消瘦及发热，系统体检仅发现
3、多次粪常规及培养(至少3次)均阴性，粪隐血试验阴性
4、X线钡剂灌肠检查无阳性发现，或结肠有激惹征象
5、结肠镜示部分患者运动亢进，无明显黏膜异常，组织学检查基本正常
6、血、尿常规正常，血沉正常
7、无痢疾、血吸虫等寄生虫病史，试验性治疗无效(注：指甲硝唑试验治疗和停用乳制品)
符合上述标准者，一般可作出临床诊断。但要注意与一些表现隐匿或症状不典型的其它疾病鉴别，对诊断有怀疑者可选择有关的进一步检查。
