需要与引起消化不良的器质性疾病包括食管、胃十二指肠、肝胆胰及上消化道症状的其他系统疾病相鉴别，特别是消化性溃疡及胃癌。另外还要指出的是：以往将有烧心、反酸症状而胃镜检查未见有反流性食管炎者列为反流型的FD，现已将这部分病人归为内镜检查阴性的胃食管反流病;消化不良症状可以是肠易激综合征(IBS)的表现，也可以是FD与IBS并存。
症状表现
消化不良是一种由胃动力障碍所引起的疾病，也包括胃蠕动不好的胃轻瘫和食道反流病。症状表现为断断续续地有上腹部不适或疼痛、饱胀、烧心(反酸)、嗳气等。常因胸闷、早饱感、腹胀等不适而不愿进食或尽量少进食，夜里也不易安睡，睡后常有恶梦。到医院检查，除胃镜下能见到轻型胃炎外，其他检查如B超、X光造影及血液生化检查等，都不能检查出不正常的表现。
引起消化不良的原因很多，包括胃和十二指肠部位的慢性炎症，使食管、胃、十二指肠的正常蠕动功能失调。患者的精神不愉快、长期闷闷不乐或突然受到猛烈的刺激等均可引起。胃轻瘫则是由糖尿病、原发性神经性厌食和胃切除术所致。
1.精神情绪变化：精神紧张和情绪悲伤可使胃电活动紊乱，从而造成胃肌收缩频率缓慢，胃中食物不能及时排到肠道中，形成胃内食物和气体滞留，产生腹胀、嗳气、恶心等诸多症状。
2.胃分泌功能紊乱：人的胃壁中有两种具有分泌功能的细胞，一种分泌消化酶，另一种分泌胃酸。当这些细胞的功能下降时，消化酶和胃酸分泌亦减少，这样会反射性地抑制胃部肌肉的收缩和蠕动，从而产生胃动力障碍。
3.功能性消化不良：因为人的近端胃容纳及贮存食物的功能下降，不能在进食后正常舒张，患者就会出现饱胀感，通常还会伴有嗳气、腹胀，甚至恶心、呕吐等症状。其原因是胃排空速度减慢引起了一系列消化不良的症状，称为“功能性消化不良”。
