要详尽地听取和分析病人对疾病的诉述，仔细地进行体格检查，根据病情，选做粪便化验、肠道X射线、内窥镜等检查,在确实排除了肠道各种器质性疾病之后，方可考虑有肠道激惹综合征的可能性。在拟诊本病之后,还应密切随访、复查,经过一段时间的观察后才能肯定诊断。在诊断本病的过程中应注意与以下器质性疾病鉴别，如溃疡性结肠炎、节段性回肠炎、肠道肿瘤、肠道息肉症、肠道憩室、小肠吸收不良综合征、胆道及胰腺疾病、慢性铅中毒等。
本病的病程呈慢性或反复性发作。其中以结肠运动功能障碍为主但功能障碍可能不限于结肠，也有小肠功能障碍。病人表现阵发性肠绞痛。腹痛的发作和持续时间常不规则，一般多在进食后或冷饮后发作或加重，排便、排气或腹部热敷后缓解。腹痛在夜间熟睡时极少发作。疼痛部位主要在右下腹，少数位于脐旁或其他部位。结肠痉挛时，肠推进性蠕动减弱，多引起便秘，同时伴有腹胀及频繁的排气。少数病人由于结肠分泌功能障碍引起经常或间歇的腹泻，便意很急，多在早晚餐前后发生，夜间少见。粪呈糊状，含有大量粘液。若结肠的运动功能及分泌功能均发生障碍时，便秘和腹泻不规则地间歇交替。此外，患者常有上腹部饱满、厌食、恶心等消化不良的症状和心跳、气短、胸闷、面红、手足多汗等植物神经调节不平衡的表现。虽然腹痛和腹泻等症状严重地影响劳动与生活，但病人一般并无体重减轻和脱水现象。
