治疗：包括病因治疗和对症处理两方面。已明确病因者，应尽早采取措施，去除病因。如抗感染、清除进入体内的毒物、颅内占位病变的去除、补充缺乏的维生素和营养物质等。病因已不存在或无法去除者，则宜采取有效措施，维持正常生理功能，消除精神障碍。急性器质性精神障碍的患者，常有精神运动性兴奋，可选用氟哌啶醇或氯丙嗪控制其兴奋躁动。氟哌啶醇较少引起低血压等副作用，用于有躯体疾病的患者比较安全;但口服镇静作用较好，可加用肌肉注射。氯丙嗪的镇静作用较强，但可引起体位性低血压;对年老、血压偏低或有呼吸功能衰竭的患者应特别慎用。为了促进患者睡眠，可选用苯二氮?类。对慢性器质性精神综合征患者，主要是生活照顾。伴有兴奋症状或幻觉、妄想者，可选用吩噻嗪类药物，以控制其兴奋;但这类患者对药物较敏感，初用剂量宜小。焦虑症状明显者，可选用苯二氮?类以减轻焦虑;抑郁症状突出者，可采用三环类抗抑郁药物。局限性器质性精神综合征，病因治疗往往有困难，多采用对症处理，如颞叶癫痫应采用酰胺咪嗪或苯妥英钠以控制癫痫。类分裂或类躁郁症综合征则主要采用抗精神病药、抗躁狂或抗抑郁药分别予以对症治疗。不论哪一类器质性精神障碍，都应特别加强护理，预防意外事故的发生。
预后：急性意识障碍一般病程短，如果及时、正确处理，预后良好。慢性痴呆状态病程持续较久，预后往往不佳;但应注意与假性痴呆状态鉴别。假性器质性痴呆经过适当治疗可以恢复正常。
