如出现肠穿孔，引起腹膜炎，进行开腹手术清理感染灶，切除肠管者，术后可能遗留肠粘连，轻者可无明显表现，重者可影响消化，甚至反复出现肠梗阻，需要手术治疗。
如阿米巴侵及中枢神经系统，引起脑脓肿，由于神经组织的损伤不可逆，可能遗留不同程度的感觉和运动功能障碍。
肠黏膜溃疡侵袭血管引起不同程度的肠出血。
多发生于严重的阿米巴病患者，穿孔会形成局限性或弥漫性腹膜炎。慢性穿孔先形成肠粘连，后常形成局部脓肿或与附近器官形成内瘘。
由于阿米巴肠病好发于盲肠，所以可能累及阑尾，导致阑尾炎。临床症状与一般阑尾炎相似，但易发生穿孔。
阿米巴肠病可引起肠道增生性病变，如阿米巴瘤、肉芽肿及纤维性狭窄，多发生于盲肠、乙状结肠及直肠，部分患者发生完全性肠梗阻或肠套叠。
当溶组织阿米巴滋养体自直肠侵入，形成瘘管，常有粪臭味脓液流出。
阿米巴滋养体可经血液或淋巴液蔓延至肠外器官，引起阿米巴肝脓肿、阿米巴肺脓肿、阿米巴脑脓肿、阿米巴胸膜炎、阿米巴尿道炎等。
