阿米巴肠病的诊断需综合流行病学资料、临床表现、实验室检查、肠镜检查等结果综合分析后得出。其中，如实验室检查发现粪便中有阿米巴滋养体和/或包囊，可确诊。
发病前有不洁食物史或与慢性腹泻患者密切接触史。
起病较缓慢，主要表现为腹痛、腹泻，每天排暗红色果酱样粪便3~10次，每次粪便量较多，有腥臭味浓。患者常无发热或仅有低热，常无里急后重感，但腹胀、腹痛、右下腹压痛常较明显，肠鸣音亢进。
粪便中可检测到阿米巴滋养体和包囊。在血清中可检出抗溶组织阿米巴滋养体的抗体。粪便中可检出溶组织内阿米巴滋养体抗原与特异性DNA。
可见大小不等的散在潜形溃疡、边缘略隆起、红晕、溃疡间黏膜大多正常。自溃疡面刮取标本镜检，可能发现病原体。
对肠道狭窄、阿米巴瘤有一定价值。
伴细菌感染时，血常规白细胞数和中性粒细胞比例增高；少部分患者可有嗜酸性粒细胞比例增高。
肉眼观察粪便呈暗红果酱样，腥臭，含血和黏液；在显微镜下可检出滋养体和包囊。
人感染溶组织内阿米巴后，可产生多种抗体，即使已治愈，抗体也会在血内存在很长时间，抗体阳性反应曾感染过或存在现症感染；无症状排包囊者抗体检测为阴性。
可检测粪便、肠道中脓液或血液中存在的阿米巴滋养体的DNA，具有较高的特异性和灵敏性，可辅助诊断。
X线钡剂灌肠：能对肠道内的形状进行显影，对阿米巴肠病引起的肠道狭窄以及阿米巴瘤有一定诊断价值。
结肠镜检查：在结肠镜下，医生可肉眼观察到结肠黏膜的病变情况，可见肠壁上散在的溃疡，中心区有渗出，边缘隆起，溃疡周围黏膜组织有红晕。此外，还可取溃疡边缘部分组织及分泌物在显微镜下检查，如发现滋养体，可明确诊断。
