该病因棘球蚴寄生的部位不同，可引起多器官的并发症，例如胆道出血、胆瘘、胆道狭窄等胆道并发症，脓胸等胸部并发症，以及感染、过敏反应等全身并发症。
部分虫囊破裂，囊液进入胆道引起感染，使胆管发生慢性炎症，导致管壁及其内部血管增生，造成胆管狭窄，可形成不全性胆道梗阻。患者主要表现为黄疸。
可因囊液中棘球蚴的头节播散至腹腔或胸腔内而引起，导致原头蚴在其他部位成长出新的成虫，引起相应部位出现病变。
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