该病具有较长潜伏期，一般可达10~20年或更长。根据感染的不同类型的棘球绦虫，以及病变波及肝、肺、脑等不同器官，患者可出现多种不同症状。
早期一般无明显症状，随着囊肿的增大对肝脏产生挤压，可出现肝部不适、上腹胀痛。当囊肿增大到一定程度，可对邻近组织器官产生挤压，引发相应症状，如生长在肝门附近的囊状棘球蚴可压迫胆管引起梗阻性黄疽，也可因压迫其附近的门静脉导致门静脉高压症。
常无明显症状，可出现咳嗽、胸部隐痛等症状。当囊状棘球蚴破裂并进入支气管，可咳出大量带有粉皮样物质的液体。部分患者可因溢出大量囊液，导致支气管堵塞，引起窒息。
主要表现为头痛、颅压增高等，部分患者可有癫痫发作等情况。
常无明显症状，患者可能出现腰部疼痛和包块，以及血尿、蛋白尿等。
少数细粒棘球蚴可寄生在脾脏、心肌、心包、肠系膜等部位，可出现相应的压迫症状。
早期常无不适症状，随着病程的发展，可触及坚硬且无疼痛的肿块，并出现上腹隐痛、食欲减退、腹胀、消瘦等情况。当病变逐渐增大侵蚀肝管时，则可出现梗阻性黄疸，也可合并腹水、门静脉高压等情况。患者最终可因肝功能衰竭，以及转移至大脑等器官而导致死亡。
可出现胸痛、咳嗽、少量咯血等情况，少数患者可并发胸腔积液。
常伴肝或肺泡型包虫病，主要表现为头痛、癫痫发作，以及单侧肢体无力的神经功能障碍症状。随着病情的持续发展可出现视神经萎缩、脑疝等造成失明甚至危及生命的情况。
部分患者可伴随发热、皮疹、恶心、呕吐、腹痛以及支气管痉挛等症状。
