完整、有序的体格检查，尤其是十二对颅神经和颈部淋巴结的检查必不可少。根据治疗过程中患者症状和体征的变化，可初步判断治疗的有效性。
可用间接鼻咽镜、电子鼻咽镜进行检查，鼻咽癌好发于鼻咽顶前壁及咽隐窝，鼻咽镜检查可观察到病变处小结节状或肉芽肿样隆起，表面粗糙不平，易出血。
早期病变不典型，可通过鼻咽病灶病理活检来明确诊断。
EBV与鼻咽癌的发生密切相关，可以作为鼻咽癌诊断的辅助指标。鼻咽癌患者血浆中的EBV脱氧核糖核酸是以游离的片段形式存在，而健康人群中很少能检测到。
MRI对软组织的分辨率比CT高，可确定肿瘤的部位、范围及对邻近结构的侵犯情况，尤其对脑组织、咽旁组织、肌肉组织的显像效果好。建议有条件的患者均应行MRI检查，以更好地确定患者分期、治疗方案的选择以及放疗靶区的勾画范围。
建议＞50岁或长期抽烟的患者常规行胸部CT平扫而非胸部X片，以明确是否有肺内转移或纵隔淋巴结转移。
进一步明确患者是否有腹部转移。
对于中晚期鼻咽癌，尤其是颈部淋巴结较大或伴有锁骨上淋巴结肿大的患者，可直接行全身PET/CT以明确是否存在远处转移。
