大部分的肠结核是由人型结核分枝杆菌引起，少数因饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品，而发生牛型结核分枝杆菌而导致肠结核。另外，肠结核也可通过血型播散或直接蔓延引起，且好发于本身有结核病史的人。
肺结核为原发病变，开放性肺结核或喉结核患者常咽下含有结核杆菌的痰液而引发肠结核；与开放性肺结核患者共用餐具，灭菌消毒不彻底也可引起原发性肠结核。
饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品而导致牛型结核分枝杆菌肠结核。
当入侵的结核杆菌较多，毒力强，人体抵抗力低下时，容易引起肠结核的发生。
含结核杆菌的肠内容物在回盲部停留的时间长，就会增加局部黏膜的感染机会，从而导致肠结核。
