胆总管结石在没有阻塞胆管时，一般无症状，或仅为上腹部不适。
若结石造成胆管梗阻，可引起胆绞痛，继发细菌感染引起胆管炎，以上腹部疼痛、寒战高热和黄疸即所谓Charcot三联征为主要表现。
发生于剑突下或右上腹，以绞痛为主，为阵发性发作，或是持续疼痛并阵发性加重，可向右肩或后背放射，常伴恶心、呕吐等症状。此为胆总管下端，或壶腹部结石下移嵌顿，还有Oddi括约肌，或胆管平滑肌痉挛所致。
胆管阻塞继发感染引起胆管炎，胆管黏膜发炎水肿，加重梗阻引起胆管内压增高，细菌及毒素逆行经毛细胆管进入肝窦至肝静脉，再次进入体内循环，引起全身感染。
大约2/3患者在病程中会出现寒战高热，一般会表现为弛张热，这时体温可高达39℃~40℃。
胆管梗阻后可出现黄疸表现，严重程度、发生及持续时间与胆管梗阻的程度、部位，及有无合并感染有关。
如果是部分梗阻时，黄疸的程度较轻；如果为完全性梗阻，则黄疸程度加深；如果结石在Oddi括约肌部位嵌顿，黄疸则呈进行性加深；合并胆管炎时，胆管黏膜与结石间的间隙因黏膜水肿而缩小或消失，黄疸逐渐明显，随炎症的发作及控制，出现间歇性和波动性。
