无症状胆总管结石患者应根据结石大小决定诊疗方案，有研究报道直径小于3.5mm的结石大多可以自行排出，这部分患者定期复查，暂不手术。结石超过3.5mm者大多不能自行排出，即使没有症状也应尽早手术治疗。
胆总管结石的治疗方法多种多样，各有优缺点，但是随着腹腔镜和内镜设备以及技术不断发展、更新，胆总管结石的微创治疗已成为主要的治疗方式。
发作胆绞痛或急性胆管炎的患者应立即禁食，给予解痉、止痛治疗，同时给予补液和抗感染治疗，积极完善实验室和影像学检查，尽快手术治疗。
对于等待手术的无症状胆总管结石患者、拒绝手术治疗的患者以及因严重内科疾病不适于手术治疗的患者，应注意适当清淡饮食，可以尝试口服熊去氧胆酸、复方阿嗪米特以及中药等药物治疗，但大多并无确切的治疗效果。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
胆总管结石的药物治疗，通常没有确切的治疗效果，常常作为手术前的准备治疗、辅助治疗，或二线治疗，主要治疗方法包括应用抗生素抗感染治疗、解痉止痛，纠正水电解质及酸碱平衡紊乱等。
若患者并发胆管炎，需遵医嘱进行抗感染治疗，临床中首选第三代头孢菌素类抗生素，与抗厌氧菌抗生素等联合使用效果较明显。
疼痛患者可予以解痉止痛药物治疗，但禁用吗啡，防止引起Oddi括约肌的痉挛。
胆总管结石不适合进行放疗和化疗。
可采用腹腔镜或开腹手术，适用于单纯胆总管结石、胆管上下端通畅，以及无狭窄或其他病变者。
若患者同时伴有胆囊结石与胆囊炎，应同时行胆囊切除术。对于不伴胆囊结石的患者是否需要同时切除胆囊尚存在争议。术中根据有无残余结石、胆管壁炎症水肿程度、胆总管直径等决定是否留置T管引流。
又称胆汁内引流术，该术式不是胆总管结石的常用治疗方法，仅适用于胆总管远端狭窄伴胆总管结石者。
曾经一度成为胆总管结石的主要治疗方式，85%~90%的胆总管结石患者可通过内镜乳头胆管括约肌切开（EST）或内镜乳头气囊扩张术（EPBD）结合网篮或取石气囊取出结石而得到治愈，成功率约为98%，并发症发生率为1%~3%。但是胆管括约肌切开术后容易反复发生肠液逆行进入胆管，诱发反流性胆管炎和胆总管结石。
目前，随着腹腔镜胆总管切开取石手术的广泛开展，ERCP仅用于老年患者和一般情况较差者。
一般认为胆囊功能良好、胆总管下端无狭窄的肝外和肝内胆管结石以及胆道术后残留结石者，均可考虑中药排石或溶石，但是中医药的治疗效果有待循证医学进一步证实。
体温过高时除使用解热退热药物，还可辅助物理降温，如用酒精或温水擦浴，或使用冰袋、降温毯等。
对于无法正常进食的患者，应适当给予肠外营养支持治疗。
