晚期全关节结核因肌肉的保护性痉挛、骨端的缺损和骨骺的发育障碍，可发生各种关节畸形。在脊柱常见后凸畸形，髋关节常见屈曲内收畸形，膝关节常见屈曲、内翻或外翻畸形，踝关节常见足下垂和内翻畸形。
化脓性炎症不同，结核性脓液中的溶软骨酶较少，所以累及关节如果没有混合感染，一般不易发生骨性强直，而是发生纤维性强直。
椎体或椎弓结核所产生的脓液、肉芽、干酪样物质、坏死的椎间盘、死骨或瘢痕组织均可压迫脊髓，引起各种程度的神经损伤、下肢和大小便功能障碍，临床上出现不同程度的截瘫。
晚期全关节结合，引发关节破坏严重会发生病理性脱位和骨折，但病理性骨折并不多见，极罕见于椎体、股骨头等负重较大的部位。
