医生首先会对患者进行问诊，了解发病情况、病程长短、有无合并症状、有无家庭遗传病史等，之后医生会进行严格的体格检查以了解病变部位、有无并发症。
并通过影像学检查、基因突变检查等辅助检查帮助医生了解病变范围、周围组织器官受累情况、有无恶变、有无基因突变等高危因素等。
根据患者的基因突变情况、典型的症状和体征，并结合影像学检查结果，经验丰富的骨肿瘤科医生基本可以做出正确的诊断，但明确诊断尚需肿瘤组织的病理学检查。
本病主要需与单发性骨软骨瘤和软骨肉瘤进行鉴别诊断。
单发性骨软骨瘤(Solitary osteochondroma)是发生在骨表面的骨性突起，常见于儿童或青少年，男性多见。肿瘤生长缓慢，疼痛轻微或完全无症状，局部探查可触及一个硬性包块，无压痛，骨软骨瘤在长骨的干骺端（占50%），特别是股骨下端、胫骨上端、肱骨上端最为好发。下肢发病多于上肢（2：1）。骨盆、肩胛骨、脊柱相对少见。位于关节附近的可引起关节活动受限，也可以压迫邻近神经血管而引起相应的症状。单发性骨软骨瘤常可发生骨折引起局部疼痛，它的恶变率约为1%。
软骨肉瘤（chondrosarcoma）是常见的恶性骨肿瘤之一，进展性疼痛是本病患者的典型主诉。软骨肉瘤有原发性和继发性两种，后者可由软骨瘤、骨软骨瘤、骨软骨瘤病恶变而来。本病发病年龄广泛，原发性软骨肉瘤多见于40-60岁，继发性软骨肉瘤高发于25-45岁。
