蒽环类化疗药物有心脏毒性，可能导致急性心肌损伤和慢性心功能损害。前者为短暂而可逆的心肌局部缺血，可表现为心慌、气短、胸闷、心前区不适等。后者为不可逆的充血性心力衰竭，与药物累积剂量相关。
如果心功能检测提示心功能异常，且并非感染所致，需暂停使用蒽环类药物，直至心功能恢复。如果出现心肌损伤，可根据病情选择右丙亚胺（Zinecard）等药物进行治疗。如有条件，可邀请心内科会诊协助治疗。
某些化疗药物会导致转氨酶升高。如果单纯转氨酶指标（ALT/AST）达正常高限10 倍或以上，可以延缓化疗。如果1 周后仍有异常，应在严密观察下化疗。
化疗药物长春新碱有神经毒性，单次剂量不得超过2mg。
长春新碱常见的轻度神经毒性副作用可表现为：下颌疼痛、便秘、深反射减弱，有时可以有发声障碍。
如果出现持续存在的腹绞痛、步态不稳、严重的疼痛、抗利尿激素尿激素异常分泌（SIADH）等明显的中毒表现，则需减量使用，或改用神经毒性较小的长春地辛。
如果出现盲肠炎，则应停药，恢复后改用长春地辛。若无明显中毒症状，则建议首选长春新碱。
滑膜肉瘤患者存在感染卡氏肺囊虫的可能，通常建议长期服用复方磺胺甲噁唑（SMZco）以预防。
如果患者出现贫血，一般可以通过输注红细胞来缓解，血色素 60g/L 以下必须输注。
如果血小板计数低于20×109 /L时应输注血小板。当患儿有明显出血症状或感染表现时，输注指征可适当放宽。
当患者中性粒细胞减少或预期患者会较长时间中性粒细胞缺乏，可使用粒细胞集落刺激因子（俗称“升白针”）。
放疗和大剂量化疗药物的应用可能造成远期毒副反应，对儿童患者尤为如此。
因此，患者需注意复查随访，如观察到相关症状应及时就医。
