滑膜肉瘤无明显环境诱因，主要是由X染色体和18号染色体易位引起。
超过90%的滑膜肉瘤患者存在X染色体和18号染色体之间的易位 t（X；18）（p11.2；q11.2）。
简单来讲，这两条染色体上的两个片段交换了位置：18号染色体上的SYT基因与X染色体上的SSX1、SSX2或SSX4融合，从而产生一种新的突变基因，称为SYT-SSX融合基因。
有研究表明，融合基因的类别（SYT-SSX1或SYT-SSX2）对疾病的组织分型和预后有影响。其中，携带SYT-SSX2突变的患者的五年无转移生存率显著高于携带SYT-SSX1的患者。
绝大多数滑膜肉瘤都是偶发的，并不会在家族中遗传。
