急性结膜炎可由多种微生物感染所致。
病毒是最常见的病因之一，其中又以腺病毒感染更为多见，腺病毒传染性强，可导致暴发流行，但多呈散发；单纯疱疹病毒感染也很常见，肠道病毒70型可导致暴发性流行。
金黄色葡萄球菌是细菌性结膜炎的常见致病菌，流感嗜血杆菌及肺炎链球菌是导致儿童急性结膜炎发病的主要病原体。
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