医生根据患者症状、病史以及眼部检查结果基本上可以确诊。有条件的情况下会进行分泌物或结膜刮片的细胞学检查、细菌培养等实验室检查以辅助诊断。
急性细菌性结膜炎，通过染色可在显微镜下发现大量多形核白细胞和细菌；急性病毒性结膜炎，可见大量单核细胞，有假膜形成时，中性粒细胞增加；沙眼衣原体所致结膜炎则可见包涵体。
通过分泌物细菌培养进一步确诊、指导治疗。病毒和沙眼衣原体的培养操作复杂，并非临床的常规检查
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